《办法》突出了以下内容：

　　一是农田水利实行统一规划布局。为避免重复建设，提高资金效益，统筹安排农田水利建设，《办法》规定县级以上水行政主管部门应当会同有关部门根据相关规划，以水源为依托，以灌区为基本单元，统一编制农田水利规划，规划包括水源保障、工程布局、工程建设、节水措施应用、管理能力建设以及生态保障措施等基本内容。同时，规定县（市、区）人民政府应当组织有关部门，统筹安排与农田水利建设有关的项目，集中连片推进农田水利建设。

　　二是农田水利建设实行统一水源配置。《办法》规定，农田水利规划应当包括水源保障内容，对于新建、改建、扩建农田水利及其他涉及农田水利的建设项目，应当符合农田水利规划，并在办理项目立项审批、核准或者备案手续前，按照国家规定进行水资源论证，以保证每一处灌区都有可靠的水源保障。

　　三是明确农田水利建设的投入机制。《办法》明确了政府主导、主体多元的投入机制，规定各级人民政府应当建立稳定增长的农田水利建设投入机制，逐步增加农田水利专项财政资金，并从国有土地出让收益中计提10%专项用于农田水利建设，地方水利建设基金应当优先用于农田水利建设；各级人民政府应当鼓励农民投资投劳和社会投资进行农田水利建设。

　　四是强化农田水利工程的质量控制。《办法》对农田水利工程建设标准和竣工验收做了统一规定，规定农田水利工程建设应当执行国家和省有关水利工程建设的标准和技术规范，所需材料和设备的质量符合国家规定的标准和要求；农田水利及其他涉及农田水利的建设项目竣工后，应当按照农田水利工程建设标准的有关规定进行验收。同时，《办法》还对农田水利工程的设计、施工、监理以及实行项目法人责任制、招投标制、合同管理制、质量保修制等作出了相应规定。

　　五是明确农田水利工程的管护主体和资金渠道。《办法》规定大中型农田水利工程由水行政主管部门所属的水利工程管理机构负责管理、维修、养护，其运行和维修养护费用，由本级财政承担；小型农田水利工程由投资者确定管理主体和管护方式，鼓励支持农民用水合作组织参与工程管理、维修、养护，其运行和维修养护费用由受益者承担，政府给予适当补助。各级财政可以从土地出让收益计提的农田水利建设资金中，安排日常维护管理费用。

　　六是明确农田灌溉用水的管理。《办法》对发展节水型农业，推进节水灌溉做出具体规定，规定农田灌溉实行计划用水、有偿使用、计量收费，逐步实行终端水价制度和计量水价制度；实行节约用水、定额管理，逐步推行超定额用水累进加价制度。

　　七是强化农田水利工作的监督管理。《办法》规定县级以上人民政府及其水行政主管部门的监督管理责任，同时，规定了各类农田水利工程的管理和保护范围，并对在管理和保护范围内从事影响工程运行、危及工程安全等活动，以及擅自占用农田灌溉水源和灌排工程从事工程建设及其他开发活动等违法行为，设定了相应的法律责任，以维护法律的严肃性，保证农田水利工程的正常使用。